ライフサイエンス研究を加速、Hadoop分析スピードをより高速化する方法

　生命情報科学（バイオインフォマティクス）アプリケーション「Contrail」は、大規模なゲノムアセンブリー関連の主要な課題を解決するために開発されたオープンソースソフトウェア（OSS）だ。Hadoop MapReduceフレームワークの採用によりテラバイト単位のメモリを搭載したコンピューティング環境を準備することなく、Linux OSが稼働するクラスタシステム上で大規模なゲノムのde novoアセンブリーを可能にしている。

　ライフサイエンス研究では、その「分析スピード」が極めて重要な要素となるのは言うまでもない。このホワイトペーパーでは、SOAグリッドミドルウェア「IBM Platform Symphony」を使用した場合としない場合におけるContrailのパフォーマンスを、ベンチマークテスト結果で比較した資料だ。IBM Platform Symphonyは、オープンソースのHadoop MapReduceディストリビューション付属のスケジューラを独自のスケジューラに切り替えることにより、MapReduceアプリケーションを変更することなく、その実行をより高速化することができる。また、ライフサイエンス研究組織へメリットをもたらすPlatform Symphonyのさまざまな機能も併せて紹介する。